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Training in bioinformatics, Burkina Faso, Bobo-Dioulasso (juillet 2012)

 

Formation de 4 jours assurée du 02 au 05 Juillet 2012 à Bobo-Dioulasso, dans le cadre du LMI LAMIVECT.

La formation a été financée par le LAMIVECT et le service de formation permanente, avec une participation de la représentation IRD au Burkina Faso.

 

Formateurs:

Alexis Dereeper (RPB), Bruno Granouillac (Mivegec/TransVIH-Mi)

 

Programme

 

Jour1 :

Cours : Introduction à la bioinformatique et à la génomique. Introduction aux principaux concepts et outils bioinformatiques.

Introduction aux bases de données publiques de séquences

TP1 : Recherche de séquences à partir de banques publiques (NCBI), utilisation du programme Blast, annotation de séquences (GenomeBrowser), recherche de motifs...

(Os01g62920.gff3)

 

Jour2

Cours : Homologie de séquences et phylogénie moléculaire

TP2 : Recherche de séquences homologues par BlastExplorer, analyse phylogénique par la plate-forme Phylogeny.fr


Cours : Galaxy, plate-forme Web d'analyse de données de séquençage

TP3 : Introduction à Galaxy et prise en main

 

Jour3 :

Cours : Galaxy et NGS (contrôle qualité de données, nettoyage, mapping)

TP3 : Galaxy et NGS


Cours : Analyse de polymorphismes SNP

TP4 : Analyse de polymorphismes SNP (Tablet + Galaxy + SNiPlay)

 

Jour 4 :

Introduction à Linux


 

seqfile.fasta 

locus.tab 

Suite logicielle  EMBOSS

TP7 : Utilisation de la suite EMBOSS pour l’analyse bioinformatique de séquences (Recherche SSR et définition amorces)

 

 

 

Participants

 

NOM  PRENOMLabo/Unité/Formation
Partenariat IRD
SOLANO Philippe IRD Intertryp
LAMIVECT
COURTIN
 Fabrice IRD Intertryp
LAMIVECT
FOURNET
 Florence IRD Mivegec
LAMIVECT
COHUET
 Anna IRD Mivegec
LAMIVECT
SOME
 Médard IRD SIL BurkinaFaso
LAMIVECT
BRUGIDOU
 Christophe IRD RPB
RPB
LACOMBE
 Séverine IRD RPB
RPB
SEREME
 Drissa INERA LVBV
RPB
TRAORE
 V.S.Edgar INERA LVBVRPB
KOALA
 Moustapha INERA LVBVRPB
OUEDRAOGO
 R.Serge INERA LVBVRPB
HIEND
 François de Sales
 IRSS/Centre Muraz
LAMIVECT
NAMOUNTOUGOU Moussa IRSS/Centre Muraz
LAMIVECT
KABORE
 Jacques
 CIRDESLAMIVECT
SAWADOGO
 Simon P.
 IRSS/Centre MurazLAMIVECT
NIANG
 Abdoulaye
 IRSS/Centre MurazLAMIVECT
SERE
 Modou
 CIRDESLAMIVECT
DAMA
 Emilie CIRDESLAMIVECT
ILBOUDO Hamidou CIRDESLAMIVECT
YAO
 Franck IRSS/Centre MurazLAMIVECT
BIGUEZOTON
 Abel CIRDESLAMIVECT
ADAKAL
 Hassane CIRDESLAMIVECT
DAYO
 Guiguigbaza-Kossigan CIRDESLAMIVECT
BADO Guillaume Virologie HDJ-CHUSS
Trans-VIHmi

 

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