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Training in bioinformatics, Montpellier (9-13 septembre 2013)



Module algorithmique et bio-informatique (Lundi 09 septembre)
Présentation théorique des grands types d'analyses en bio-informatique (Blast, alignement de séquences, phylogénie, recherche de motif, assemblage)
Application en ligne via des applications Web.

 

 

Supports:

  • Génomique et bio-informatique (cours, pdf)
  • Utilisation de ressources bio-informatiques sur le Web (cours, TD)

Fichiers: gff modifié

 


Module NGS et Galaxy (Mardi 10  et Mercredi 11 septembre matin)
Présentation de l'outil Galaxy
Traitement de données de séquençage haut-débit (NGS) via Galaxy (nettoyage, assemblage, mapping, recherche de SNP).

 

Supports:

 


Module Linux et bio-informatique (Mercredi 11 après-midi, jeudi 12 et vendredi 13 septembre)

 

  • Principales commandes Linux et manipulation de fichiers (pdf englishfrançais)
 
cours et TD avec EMBOSS (PDF, Fichiers
cours et TD avec Artemis (PDF, Anotation-1.zip, Annotation-2.zip
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