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Ecole de Bioinformatique Appliquée à la Génomique

4 au 8 Novembre 2013

Université Cheikh Anta Diop (UCAD), DAKAR

 

Présentation


L’avènement des nouvelles technologies de séquençage nucléotidique à très haut débit est une véritable révolution pour la recherche en science de la vie. Ces techniques qui permettent le séquençage en quelques semaines d’un génome entier d’organismes complexes ont entrainé une explosion des données génomiques. Des milliers de génomes sont en cours de séquençage et c’est une véritable masse d’information génomique qui est déjà librement accessible et exploitable dans les banques de séquences.

Toutefois l’afflux de telles masses d’informations nécessite un important travail de gestion et d’analyse faisant appel principalement à des compétences en bioinformatique ainsi qu’une bonne connaissance et maîtrise de nombreux algorithmes et logiciels.

 

Le plateau bioinformatique du centre IRD de Montpellier et le LMI LAPSE organisent une première session de cette école dont les objectifs sont de présenter aux jeunes chercheurs d’Afrique de l’Ouest les différentes analyses bioinformatiques et les principaux logiciels pour exploiter au mieux cette masse de données et réaliser des projets génomiques à grande échelle. Cette formation est financée par le LMI LAPSE, les UMRs DIADE et RPB ainsi que l'Ambassade de France au Sénégal.

 

 

Programme

L’école se déroulera sous la forme de modules au niveau desquels seront alternés formation pratique et cours fondamentaux; les différents thèmes abordés dans cette formation iront d’une introduction à la génomique et la bio-informatique, à la réalisation d’analyse de données de type NGS (Galaxy) en passant par une initiation à Linux, à l’utilisation de logiciels sous linux (Blast, logiciels d’alignements, suite EMBOSS) ou encore l’annotation de séquences.

Participants

Cette formation s’adresse aux étudiants en thèse venant du Sénégal et de l’Afrique de l’Ouest ayant déjà une première expérience en analyse bio-informatique ou qui vont réaliser ce type d’analyse dans le cadre de leurs travaux.

Modalités d’inscription

Cet atelier est proposé à 12 étudiants. Un comité scientifique composé de membres de l’UCAD, l’ISRA, du Cirad et de l’IRD sélectionnera les participants sur la base d’un dossier de candidature (CV, lettre de motivation et fiche d’inscription ).

La formation est gratuite. Une prise en charge partielle ou totale du voyage et séjour des étudiants extérieurs à Dakar pourra être envisagée sur demande.

Date limite d’inscription : 15/08/2013 (Résultats début Septembre 2013)

Contacts : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Coordinateurs

Alexis Dereeper, Christine Tranchant-Dubreuil, Pr Ibrahima Ndoye, Dr Laurent Laplaze

Comité d’organisation

Alexis Dereeper (IRD), Christine Tranchant-Dubreuil (IRD), Pr Ibrahima Ndoye (UCAD), Dr Mouhamadou Diallo (UCAD), Dr Mame Ourèye Sy (UCAD), Dr Daniel Fonceka (Cirad), Dr Ndjido Kane (ISRA), Dr Antony Champion (IRD), Dr Laurent Laplaze (IRD)

Formateurs

Alexis Dereeper, Christine Tranchant-Dubreuil, Bruno Granouillac

 

Module "Introduction à la bio-informatique" (Lundi 04 Novembre après-midi, Mardi 05 Novembre matin)

Cours

Recherche NCBI, Blast (TP1)

Genome Browser, Recherche motifs, structure 3D (TP2)

 

 

Module "Analyse de données NGS par Galaxy" (Mardi 05 Novembre, Mercredi 06 Novembre)

Contrôle qualité, nettoyage, mapping, recherche de SNP (Démo/Cours)

 

Module "Introduction à Linux" (Mercredi 06 Novembre)

Introduction à Linux

 

Module "Linux appliqué à l'analyse de données biologiques" (Jeudi 07 Novembre)

Cours/TP

contacts.txt

 

Module "Linux appliqué à l'analyse de données NGS" (Vendredi 08 Novembre)

Cours/TP

francois.pl

 

 


 

 

 

 

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